Swoją karierę rozpoczynał w juniorach miejscowego klubu Kania Gostyń. W 1999 roku zawodnik przeniósł się do Wisła II Kraków, gdzie grał aż do 2001. W 2004 roku bramkarz powrócił do klubu z Gostynia. W sezonie 2004/05 występował z drużyną w czwartej, w kolejnych rozgrywkach w trzeciej lidze. Kaczmarek w 2006 roku przeniósł się do drugoligowego wówczas klubu Śląska Wrocław. Na początku bramkarz był tylko rezerwowym, przegrywając rywalizację z Andrzejem Olszewskim[3]. W swoim debiutanckim sezonie 2006/07 w Śląsku zawodnik rozegrał w barwach drużyny tylko dwa spotkania, a Śląsk skończył rozgrywki ligowe na 9 miejscu. W sezonie 2007/08 Wojciech grywał w pierwszym składzie coraz częściej, zaliczając 12 występów w drugiej lidze. Zespół z Wrocławia w końcowej tabeli uplasował się na drugim miejscu, dzięki czemu awansował do Ekstraklasy. Polski bramkarz zastąpił na stałe w bramce Śląska byłego rywala.