Rafael Pereira da Silva urodził się w Rio de Janeiro. Swoją karierę piłkarską rozpoczął w roku 2005 w drużynie juniorów miejscowego Fluminense. Podczas turnieju młodzieżowego w Hong Kongu dostrzegł go Les Kershaw, skaut Manchesteru United i 1 lipca 2008 roku Rafael przeniósł się wraz z bratem na Old Trafford, gdzie otrzymał koszulkę z numerem 21[1].

W drużynie Czerwonych Diabłów zadebiutował już w pierwszej kolejce Premiership w sezonie 2008/09. 17 sierpnia 2008 roku w zremisowanym 1:1 meczu z Newcastle United wszedł z ławki rezerwowych w 80 minucie zastępując Fraizera Campbella. W wyjściowej jedenastce meczu Premiership zadebiutował 18 października 2008 roku w wygranym 4:0 spotkaniu z West Bromwich Albion. Pierwszego gola zdobył natomiast 8 listopada w 90 minucie przegranego 1:2 meczu z Arsenalem Londyn, gdzie wszedł z ławki rezerwowych i znacząco wpłynął na poprawę gry zespołu. Rafael ma za sobą także debiut w Lidze Mistrzów, zagrał w pierwszym składzie wyjazdowego meczu z duńskim AaB Aalborg.

Pomimo entuzjastycznych recenzji jego występów Rafael nie zdołał do tej pory przebić się do podstawowej jedenastki Manchesteru United. Alex Ferguson częściej stawia na doświadczonego Garego Nevilla, a konkurencję do gry na prawej obronie zwiększy wracający po kontuzji Wes Brown. W nadchodzącym czasie Rafael powinien jednak coraz częściej pojawiać się na boisku.