Stepanov pochodzi z miasta Nowy Sad i tam też rozpoczynał karierę w klubie FK Vojvodina. Najpierw grał w juniorach tego klubu, a w sezonie 2000/2001 awansował do składu pierwszej drużyny i w wieku 17 lat zadebiutował w serbskiej ekstraklasie. Z czasem został zawodnikiem pierwszej jedenastki, ale z Vojvodiną nie osiągał większych sukcesów, jak zajęcie 6. miejsca w lidze. W sezonie 2005/2006 został kapitanem Vojvodiny, ale grał w niej tylko w rundzie jesiennej, a zimą przeszedł za 750 tysięcy euro do tureckiego Trabzonsporu.

W Trabzonsporze Stepanov od razu zaczął występować w pierwszej jedenastce. W tureckiej lidze zadebiutował 22 stycznia w przegranym 2:4 wyjazdowym meczu z Kayserisporem. Z Trabzonsporem zajął 4. miejsce w lidze, dzięki czemu w sezonie 2006/2007 wystąpił w Puchare UEFA. W sezonie 2006/2007 z Trabzonsporem także zajął 4. pozycję w tureckiej lidze.

W lipcu 2007 Stepanov przeszedł do FC Porto. Kosztował 3,5 miliona euro i podpisał kontrakt do 2011 roku.