Zambrotta urodził się w Como, dziewiętnastego lutego 1977 roku. Tam też rozpoczął swoją karierę piłkarską. W 1994 roku, w wieku siedemnastu lat, klub z Serie B, Como Calcio, zakontraktował młodego Zambrottę. W swoim debiutanckim sezonie nie mógł zachwycić – zagrał zaledwie jeden mecz. Przez to, iż nie dostawał szans, nie mógł pomóc swojemu klubowi uniknąć spadku z ligi. W następnym sezonie Gianluca zaczął grać regularnie. Spędził w Como trzy sezony, aż do sezonu 1996/1997. W swoich dwóch ostatnich latach w rodzinnym mieście Zambrotta rozegrał czterdzieści siedem meczów i strzelił sześć goli.