Cambiasso rozpoczynał karierę w klubie ze stolicy Argentyny, Argentinos Juniors. Jego krótka przygoda z rezerwami Realu Madryt zakończyła się powrotem do ligi argentyńskiej, w której zadebiutował 15 sierpnia 1998 w barwach Independiente. W 2001 został mistrzem kraju w sezonie zamknięcia (Torneo Clausura) z River Plate. Do Madrytu powrócił jako doświadczony zawodnik. Pomógł klubowi wygrać Puchar Interkontynentalny w 2002 i Superpuchar Hiszpanii w 2004 oraz zdobyć mistrzostwo kraju w 2003. W 2005, występując w parze z Juanem Sebastiánem Verónem w pomocy Interu zdobył Puchar Włoch. Osiągnięcie to powtórzył w roku 2006, po finale z AS Roma (3:1), w którym zdobył pierwszego gola. W 2006, 2007 i 2008 Cambiasso zdobył z Interem mistrzostwo Włoch.