Karierę piłkarską Colotto rozpoczął w klubie Estudiantes La Plata i w sezonie 2000/2001 zadebiutował w jego barwach w argentyńskiej Primera Division. Od lata 2002 był podstawowym zawodnkiem Estudiantes i grał w nim do końca 2004 roku rozgrywając 96 meczów i zdobywając 5 bramek.

Na początku 2005 roku Colotto przeszedł do meksykańskiego Tecos UAG z miasta Guadalajara. 16 stycznia zadebiutował w meksykańskiej Primera Division w wygranym 1:0 domowym meczu z UNAM Pumas. Pobyt Diego w Tecos trwał 2,5 roku i latem 2007 trafił do lokalnego rywala zza miedzy, Atlasu Guadalajara. Swój pierwszy mecz dla tego zespołu rozegrał 5 sierpnia 2007 przeciwko Deportivo Toluca (1:1). W Atlasie występował do lata 2008 roku. W meksykańskiej lidze rozegrał 113 spotkań i strzelił 10 goli.

Latem 2008 roku Colotto odszedl z Atlasu i 30 sierpnia podpisał kontrakt z hiszpańskim Deportivo La Coruña. Kosztował 2,5 miliona euro, a w barwach "Depor" po raz pierwszy wystąpił 5 października w wygranym 1:0 meczu z Numancią. W rozgrywkach Pucharu UEFA przeszedł z Deportivo fazę grupową wcześniej w rundzie eliminacyjnej zdobywając dwie bramki w meczu z Brann Bergen, a potem jedną w meczu z Lechem Poznań (1:1).