Daniele Bonera zawodową karierę rozpoczynał w 1999 roku w Brescii Calcio, w której występował do sezonu 2001/2002. W Serie A zadebiutował 1 października 2000 roku w meczu przeciwko Udinese Calcio. Włoch wywalczył sobie miejsce w pierwszej jedenastce Brescii, a latem 2002 roku został piłkarzem AC Parma. Bonera stał się podstawowym zawodnikiem włoskiego klubu, a dzięki dobry występom w Serie A i Pucharze UEFA zaczęły interesować się nim najlepsze krajowe kluby. 28 lipca 2006 roku włoski gracz podpisał kontrakt z A.C. Milan. W barwach Rossonerich 17 października tego samego roku w spotkaniu z RSC Anderlechtem po raz pierwszy w karierze wystąpił w Lidze Mistrzów. W meczu tym Bonera już na początku drugiej połowy został ukarany czerwoną kartką i musiał opuścić plac gry. Razem z Milanem Włoch w sezonie 2006/2007 zwyciężył w rozgrywkach Champions League, Superpucharu Europy oraz Klubowych Mistrzostw Świata.