Kluby austriackie

Manninger jest wychowankiem klubu Austria Salzburg, w sezonie 1995/96 był na wypożyczeniu w pierwszoligowym SK Vorwärts Steyr. W I lidze zadebiutował meczem z Grazer AK. Dobra postawa w tym meczu zadecydowała, że 19-letni Manninger latem 1996 przeszedł do tego klubu. Po kontuzji podstawowego bramkarza Franka Almera, Alex zadebiutował w meczach Pucharu UEFA z Interem Mediolan. Na stadionie Giuseppe Meazzy Grazer przegrał 1:0, w Kapfenbergu wygrał 1:0 i w ostateczności o wygranej decydowały rzuty karne, w których GAK przegrał 5:3, zaś Manninger nie obronił żadnej jedenastki. Od tego czasu był podstawowym bramkarzem w klubie.

Arsenal

W czerwcu 1997 Manninger został ściągnięty do Arsenalu Londyn jako zmiennik Davida Seamana. Został tym samym pierwszym austriackim piłkarzem, który zagrał w Premier League. W swoim pierwszym sezonie Manninger wobec kontuzji Seamana zastępował go w meczach ligowych. Nie puścił bramki przez 6 kolejnych meczów, czym wyrównał rekord Jimmy'iego Ashcrofta. Został również wybrany najlepszym piłkarzem miesiąca w marcu 1998.

Po zakupie Richarda Wrighta, Manninger wolał zostać wypożyczony do Fiorentiny niż być trzecim bramkarzem Arsenalu. Przez cztery lata gry w Anglii zagrał w 64 meczach: 39 ligowych, 17 pucharowych i 8 Ligi Mistrzów. Z klubem zdobył również w roku 1998 mistrzostwo Anglii i jej puchar.

Serie A

W Serie A zadebiutował w barwach Fiorentiny przegranym 4:1 meczem z US Lecce. Łącznie w barwach klubu z Florencji zagrał 24 mecze. Po jej degradacji do Serie C2, w lipcu 2002 Manninger przeszedł za 960 tysięcy funtów do Espanyolu Barcelona. W barwach katalońskiego klubu nie rozegrał żadnego ligowego meczu i już w styczniu 2003, 25-letni bramkarz wrócił do Włoch, by reprezentować barwy Torino F.C.. W czerwcu tego samego roku przeszedł do Bolonii, gdzie przez rok nie zagrał w żadnym meczu ligowym, a w 2004 został wypożyczony do AC Siena. Po roku gry w Toskanii powrócił do swego pierwszego klubu Red Bull Salzburg.

W sezonie 2005/2006 zagrał w 16 ligowych meczach, zaś w 2006 został powrócił w ramach dwuletniego wypożyczenia do AC Siena. Jako podstawowy golkiper zagrał w barwach Bianconerich 64 mecze. Po zakończeniu wypożyczenia w 2008 przeszedł do Udinese Calcio, by już po kilku tygodniach przejść do Juventusu Turyn. Został drugim bramkarzem pozyskanym w lecie 2008 przez turyński klub, po Antonio Chimentim, również z Udinese.

Wobec kontuzji Gianluigiego Buffona Manninger zagrał do 6 listopada 2008 w barwach Juventusu 7 meczów w Serie A i 4 w Lidze Mistrzów.