Alex Ferguson przybył z Aberdeen FC by zastąpić Atkinsona i poprowadził klub do 11 miejsca w lidze na koniec sezonu. W następnym sezonie 1987/1988, United zajęli 2 miejsce z Braianem McClairem w składzie, który zdobył w lidze 20 goli dla United, po raz pierwszy od czasów Georga Besta.

Jednak mimo to, United szło bardzo źle do 1989 r. i klub był bliski spadku z ligi. Dodatkowo wiele transferów Fergusona nie znalazło akceptacji fanów. Pojawiły się pogłoski o możliwości zwolnienia Fergusona na początku 1990 r., ale zwycięstwo w 3 rundzie Pucharu Anglii nad Nottingham Forest F.C. dało nadzieję na w miarę udany sezon. United zwyciężyli Puchar, pokonując w finale Crystal Palace.

United wygrali Puchar Zdobywców Pucharów w sezonie 1990/1991, pokonując w finale mistrza Hiszpanii – Barcelonę, ale kolejny sezon okazał się rozczarowaniem dla nich, ponieważ przegrali w końcówce tytuł mistrza ligi na rzecz Leeds United. W międzyczasie tj. w 1991 klub wszedł na Londyńską Giełdę Kapitałową i został wyceniony na 47 milionów funtów, od tej pory finanse klubu są dostępne do wglądu publicznego.

Przybycie do drużyny Erica Cantony w listopadzie 1992 r. było punktem zwrotnym w historii United. Gdy Cantona zgrał się z najlepszymi zaufanymi talentami: Garym Pallisterem, Denisem Irwinem i Paulem Incem, tak dobrze jak zrobił to Ryan Giggs który już stawał się gwiazdą, skończyli sezon 1992/1993 z tytułem mistrza Anglii. Był to ich pierwszy tytuł od roku 1967. W następnym sezonie po raz pierwszy wygrali dublet (ligę i Puchar Anglii), ale klub przeżył też smutne wydarzenie w tym sezonie. 20 stycznia 1994 r. umarł legendarny menadżer i prezydent klubu Matt Busby.

W sezonie 1994/1995, Cantona dostał zawieszenie na osiem miesięcy za wskoczenie w publiczność i zaatakowanie fana Crystal Palace Matthew Simmonsa, w meczu United na stadionie Selhurst Park. Remisując swój ostatni ligowy mecz (niewygrywając przez to ligi) i przegrywając z Evertonem w finale Pucharu Anglii, zostali największymi przegranymi sezonu. Wtedy Ferguson rozwścieczył kibiców sprzedając kluczowych zawodników i zastępując ich młodymi wychowankami klubu takimi jak: David Beckham, Gary Neville, Phil Neville i Paul Scholes. Nowi zawodnicy szybko stali się regularnymi reprezentantami Anglii. Radzili sobie zaskakująco dobrze i United wygrali dubla ponownie w sezonie 1995/1996. Po raz pierwszy zdarzyło się, że angielski zespół zdobył dubla dwa razy.

Wygrali ligę ponownie w 1997 r. i Eric Cantona ogłosił, że przechodzi na futbolową emeryturę w wieku lat 30. Kolejny sezon (1997/1998) zaczęli dobrze, ale ukończyli go na drugim miejscu, za Arsenalem, który wygrał dubla w tym sezonie.

Skład

Bramkarze:

- Ben Foster

- Edwin van der Sar

- Tomasz Kuszczak

Obrońcy:

- Fábio da Silva

- Gary Neville

- Jonny Evans

- Nemanja Vidić

- Patrice Evra

- Rafael da Silva

- Rio Ferdinand

- Wes Brown

Pomocnicy:

- Anderson

- Cristiano Ronaldo

- Darren Fletcher

- Darron Gibson

- John O'Shea

- Lee Martin

- Michael Carrick

- Nani

- Owen Hargreaves

- Park Ji-sung

- Paul Scholes

- Rodrigo Possebon

- Ryan Giggs

- Zoran Tosic

Napastnicy:

- Carlos Tevez

- Danny Welbeck

- Dimityr Berbatow

- Wayne Rooney