W następnym sezonie Liverpool nie zwyciężył w żadnych rozgrywkach, jednak Alonso miał jeszcze szansę osiągnąć sukces: wziął udział z kadrą na Mistrzostwach Europy 2008. Hiszpan zazwyczaj wchodził na boisko z ławki rezerwowych, jednak w ostatnim spotkaniu grupowym z Grecją, w którym to selekcjoner Luis Aragonés dał odpocząć kluczowym zawodnikom, Alonso otrzymał opaskę kapitańską i został uznany piłkarzem meczu[53]. Pomimo dobrego występu, nie zdołał wywalczyć miejsca w pierwszym składzie, co pokazało, jak silna była reprezentacja[54]. Hiszpanie ostatecznie zwyciężyli w turnieju, a Alonso wystąpił w czterech z sześciu spotkań rozegranych przez Hiszpanię[55]. W rozmowie z dziennikarzem Guillemem Balague powiedział, że triumf reprezentacji był zasłużony, oraz że największe znaczenie w podtrzymywaniu passy meczów bez porażki miało zgranie zespołu. Bask był podekscytowany tym osiągnięciem, mówiąc: "Teraz wszyscy żyjemy chwilą. To niesamowite, czujemy się jak we śnie. Fantastyczne uczucie"[56]. Zawodnik kontynuował międzynarodowe sukcesy, zdobywając dwie bramki w rozegranym w sierpniu spotkaniu z Danią, zakończonym zwycięstwem 3:0[57].

W lecie pojawiły się spekulacje, jakoby Alonso miał odejść z klubu, zaś w jego miejsce Liverpool miałby sprowadzić reprezentanta Anglii, Garetha Barry'ego[58]. Transfer ostatecznie nie doszedł do skutku, zaś Alonso poważnie zaczął zastanawiać się nad swoją pozycją w zespole[59][60]. Jednak kibice przywrócili mu pogodę ducha, wspierając go na boisku jak i poza nim, zaś Alonso stwierdził:

"[Fani] nie mogli mnie bardziej pocieszyć, jak tylko pokazując mi, że są ze mną... Kiedy wychodziłem na lunch czy kawę, zawsze był ktoś, kto podchodził i mówił 'Z całego serca chcemy, żebyś został'. Jestem zadowolony, że ostatecznie nic z tego [transferu] nie wyszło, szczerze mówiąc nie bardzo podobał mi się ten pomysł"[61].

Pomimo wydarzeń z lata, Alonso pewnie zaczął sezon i zarówno jego koledzy z drużyny, jak i dziennikarze chwalili siłę jego charakteru, uznając jego wpływ na grę Liverpoolu jako ważny czynnik wpływający na dobre wejście zespołu w rozgrywki[61][62]. Szczególne znaczenie miała jedyna bramka strzelona w wygranym 1:0 meczu z Chelsea Londyn, w którym "The Reds" zostali pierwszą drużyną, która wygrała na Stamford Bridge od ponad czterech lat[63]. Także badania statystyczne potwierdziły formę Alonso: 11 grudnia został pierwszym graczem z tysiącem celnych podań w obecnym sezonie Premier League[64]. 3 stycznia 2009 w wygranym 2:0 spotkaniu Pucharu Anglii z Preston North End doznał kontuzji stopy, na którą konieczne było założenie siedmiu szwów[65]. Do gry powrócił 20 stycznia w zremisowanym 1:1 spotkaniu z Evertonem, którego to barwy reprezentował przyjaciel Alonso, Mikel Arteta