Łobodziński swoją karierę rozpoczynał występując w zespole Zawiszy Bydgoszcz (sezon 1996/97) W Zawiszy występował trzy sezony. Następnie przeniósł się do Stomilu Olsztyn gdzie występował jeden sezon aby ponownie wrócić do Zawiszy. W 2000 roku Wojciech Łobodziński został zawodnikiem Wisły Płock.

Przed sezonem 2003/2004 przeniósł się do Zagłębia Lubin. Zdobył z nim w sezonie 2006/2007 mistrzostwo Polski. W polskiej ekstraklasie debiutował 3 października 1999 w spotkaniu Stomilu Olsztyn z Amiką Wronki. Na pierwszoligowych boiskach rozegrał dotychczas 128 spotkań, w których strzelił 16 bramek (stan na 26 kwietnia 2008).

Od 9 lutego 2008 r. jest zawodnikiem Wisły Kraków. Z oficjalnych informacji wynika, że Wisła Kraków zapłaciła za niego 400 tys. euro. Już pierwszym sezonie występów w Krakowie Łobodziński mógł cieszyć się ze zdobycia Mistrzostwa Polski.

W pierwszej reprezentacji narodowej piłkarz wystąpił 19 razy dwukrotnie wpisując się na listę strzelców. Wcześniej występował w reprezentacji U-16 z którą zdobył srebrny medal na Mistrzostwach Europy 1999 w Czechach, U-17 oraz U-19 złoty medal ME 2001 w Finlandii.