Hilton profesjonalną karierę rozpoczynał w São Paulo FC. Po dwóch latach przeszedł do Coritiba FC. W 2002 roku trafił do Europy, a konkretnie do szwajcarskiego Servette Genewa. Spisywał się tam dobrze, ale nie odniósł żadnych sukcesów. Po rozegraniu 57 spotkań w Axpo Super League przeniósł się do SC Bastia, występującego w Ligue 1. Spędził tam jednak tylko pół roku, a w lipcu 2004 podpisał kontrakt z RC Lens. Z tym klubem dwa razy zwyciężył w Pucharze Intertoto, co umożliwiało im start w Pucharze UEFA. W 2008 dotarł także do finału Pucharu Ligi Francuskiej, w którym jego drużyna została pokonana przez Paris Saint-Germain 2-1. W tym samym roku Lensois zajęli 18. miejsce w lidze i spadli do Ligue 2. Wtedy też Hilton odszedł do Olympique Marsylia.