Muntari rozpoczynał swoją karierę w ojczyźnie w klubie Liberty Professionals FC. Bardzo wcześnie ujawnił się jego nadprzeciętny talent, jego technikę porównywano później do Edgara Davidsa i Kaki. W 2001 mógł trafić do Manchesteru United, jednak klub z Old Trafford nie zapłacił 1 mln funtów za nastolatka z Ghany. W 2002 piłkarza kupiło Udinese. W klubie z Udine Muntari regularnie występował w Serie A, zdobył również kilka bramek. W sezonie 2005/2006 występował również w rozgrywkach Ligi Mistrzów. Latem 2007 za około 10 milionów euro Muntari przeszedł do angielskiego Portsmouth F.C.. Po dobrym sezonie w Lidze Angielskiej został kupiony za około 14 milionów euro do Interu Mediolan.