Stelios Wenetidis profesjonalną karierą zaczynał w sezonie 1994-1995 w klubie Orestis Orestiada. Po roku odszedł do lepszego zespołu, a konkretnie do Skody Xanthi. Od sezonu 1999-2000 grał już w PAOK Saloniki, gdzie zdobył swoje pierwsze poważne trofeum - Puchar Grecji. W 2001 roku został wykupiony za 1,5 mln euro przez Olympiakos Pireus. Tutaj zdobył aż pięć mistrzostw kraju - w sezonach: 2001-02, 2002-03, 2004-05 i 2005-06. Po ostatnim mistrzostwie 31-letni piłkarz nie mieszczący się zawsze w pierwszej jedenastce Olympiakosu przeszedł do mającego mniejsze aspiracje AE Larisa, gdzie występuje do dziś.