Karierę piłkarską Eguren rozpoczął w stolicy Urugwaju, Montevideo. Jego pierwszym klubem w karierze był Montevideo Wanderers. W 2001 roku zadebiutował w jego barwach w urugwajskiej Primera División. W 2002 roku wystąpił z nim w Copa Libertadores. W 2003 roku przeszedł do lokalnego rywala, Club Nacional. W latach 2003 i 2004 zdobywał z nim mistrzostwo fazy Apertura. W lutym 2004 został zdyskwalifikowany na 6 miesięcy, gdyż w jego organizmie wykryto obecność kokainy. Z czasem jednak karę złagodzono.

W 2005 roku Eguren trafił do Europy i został piłkarzem norweskiego Rosenborga Trondheim. Wystąpił z nim w Lidze Mistrzów, a potem na krótko wrócił do Wanderes. W 2006 roku został wypożyczony do szwedzkiego Hammarby IF, a na początku 2007 roku sprzedany. W 2007 roku zdobył dla Hammarby 8 goli w lidze szwedzkiej. Awansował też do Pucharu UEFA poprzez Puchar Intertoto.

Na początku 2008 roku Egurena wypożyczono do hiszpańskiego Villarrealu. W Primera División zadebiutował 9 lutego w wygranym 1:0 wyjazdowym meczu z Realem Murcia. Zagrał w 15 meczach i został wicemistrzem Hiszpanii, a latem został wykupiony przez Villarreal, z którym podpisał 3-letni kontrakt.