Rozpoczynał swoją piłkarską karierę w rodzinnym Belgradzie, w klubie Borca. W 1996 został zawodnikiem pierwszoligowego Partizana, w którym występował przez prawie 10 lat. W 2003 został mistrzem Serbii i Czarnogóry i przeniósł się na krótko do Primera División. Tam występował w Celcie Vigo (1 bramka w 13 meczach), jednak po spadku z 1. ligi Ilić wrócił do Belgradu i w 2005 ponownie wywalczył z klubem mistrzostwo kraju. Dla Partizana rozegrał 200 meczów, w których zdobył 98 bramek. Jego doskonała forma w sezonie 2004/2005 zaowocowała transferem do czołowego tureckiego klubu Galatasaray SK. Już w pierwszym meczu ligowym Ilić zdobył dwa gole. W Galatasaray zaproponowano mu koszulkę z numerem 10, jednak odmówił i gra z numerem 22. W sezonie 2005/2006 zdobył z zespołem mistrzostwo Turcji i strzelił 12 bramek w 30 ligowych meczach. Natomiast w sezonie 2006/2007 zajął z Galatasaray 3. pozycję w lidze.