Profesjonalną karierę piłkarską Weidenfeller zaczynał w 1. FC Kaiserslautern. W 2002 roku przeszedł do Borussii Dortmund. Na swój debiut czekać musiał do 17 grudnia 2003 roku. Wtedy to wystąpił przeciwko swojemu byłemu klubowi. Później został przesunięty do zespołu rezerw. Swoją drugą szansę dostał jesienią 2004 roku i od tej pory jest podstawowym piłkarzem swojej drużyny, mimo to jeszcze nie zadebiutował w reprezentacji Niemiec. Ma za sobą za to mecze w kadrze U-17.