Popow jest wychowankiem klubu FK Belasica, w którym treningi rozpoczął w wieku 11 lat. Do jego pierwszej drużyny został przesunięty w sezonie 2000/2001. Od czasu debiutu w Belasicy, był jej podstawowym graczem. W 2002 oraz 2003 roku wywalczył z klubem wicemistrzostwo Macedonii. W sumie rozegrał tam 72 spotkania i zdobył 7 bramek.

W 2003 przeszedł do bułgarskiego Liteksu Łowecz. W bułgarskiej ekstraklasie Popow zadebiutował 28 września 2003 w wygranym 2:1 pojedynku z Markiem Dupnica. W tamtym meczu strzelił także gola. Od początku gry w Liteksie Popow pełnił tam rolę rezerwowego. W 2004 roku zdobył z klubem puchar Bułgarii. W Liteksie Popow spędził cztery i pół roku. W tym czasie wystąpił tam w 72 meczach i strzelił 2 gole.

W styczniu 2008 za milion euro został sprzedany do francuskiego AJ Auxerre. W Ligue 1 pierwszy występ zanotował 23 lutego 2008 w wygranym 2:1 meczu z OGC Nice