Raúl Meireles zawodową karierę rozpoczynał w 2001 roku w zespole Clube Desportivo das Aves, gdzie przez trzy lata rozegrał 41 ligowych spotkań. Miejsce w podstawowej jedenastce tego zespołu wywalczył sobie w sezonie 2002/2003, kiedy to brał udział w 26 pojedynkach. Następnie Meireles przeniósł się do rodzinnego Porto, gdzie podczas rozgrywek 2003/2004 reprezentował barwy Boavisty FC. Następnie portugalski gracz podpisał kontrakt z jedną z najbardziej utytułowanych drużyn w kraju - FC Porto. Początkowo pełnił tam rolę zmiennika, jednak z sezonu na sezon grywał coraz częściej. Razem z ekipą "Smoków" Meireles w 2006, 2007 i 2008 roku zdobył mistrzostwo kraju, a w 2006 roku wygrał również puchar i superpuchar Portugalii.