Pęczak swoją profesjonalną karierę zaczynał w 1996 r. w GKS-ie Katowice, do którego przeszedł ze swojego pierwszego klubu - GKS Tychy. Paweł niemal od razu stał się podstawowym graczem co wpłynęło na zainteresowanie jego osobą innych klubów. W 1999 r. przeszedł do Amici Wronki, gdzie jednak przez pierwsze lata był tylko rezerwowym. Nieco więcej występował pod koniec swojej przygody w Amice. Niezadowolony z nieregularnym występów w pierwszej drużynie, przeszedł do Górnika Zabrze, jednak i tam nie grał regularnie co spowodowało powrót do GKS-u Katowice, klubu który wówczas wspominał najlepiej. W Katowicach przez pierwsze pół roku rozegrał zaledwie jeden mecz. W kolejnym sezonie jednak w barwach GKS-u rozegrał 20 spotkań. W sezonie 2005/06 przeszedł do Lechii Gdańsk, gdzie od razu stał się podstawowym zawodnikiem i do dziś gra regularnie. Łącznie w Ekstraklasie rozegrał 157 spotkań, w których strzelił dwie bramki.

Na początku sezonu 2008/09 załapał poważną kontuzję, która wykluczyła go z rundy jesiennej.