Paweł Magdoń pochodzi z Dębicy. Jest wychowankiem tamtejszego Igloopolu, z którym grał w niższych ligach do roku 1997. Później przez 2,5 sezonu reprezentował barwy II-ligowej Piotrcovii Piotrków Trybunalski. Na swój pierwszoligowy debiut musiał czekać do wiosny sezonu 1999/2000, kiedy, po transferze do ŁKS-u Łódź zadebiutował w spotkaniu z Lechem Poznań 13 maja 2000 roku (1:0). Razem z drużyną spadł do drugiej ligi. W ŁKS-ie rozegrał cztery spotkania w ekstraklasie. W trakcie sezonu 2000/2001 wrócił do Piotrkowa, gdzie w II lidze spędził kolejne 2,5 roku. Po przeniesieniu w 2003 klubu do Szczecina przez właściciela Antoniego Ptaka Magdoń stał się zawodnikiem Portowców, z którymi awansował do ekstraklasy. W sezonie 2004/2005 rozegrał 32 spotkania i zdobył 1 bramkę (18 września 2004 w meczu z Polonią Warszawa z rzutu karnego) oraz jedną bramkę samobójczą 16 września 2005 w meczu z Legią Warszawa (2:2).

Wiosną 2006 r. został sprzedany do Wisły Płock, z którą w tym samym roku zdobył Puchar i Superpuchar Polski (w spotkaniu Superpucharu strzelił gola). Wiosną 2007 przeszedł do ówczesnego wicemistrza Polski GKS Bełchatów, jednak nie znajdował uznania u trenera Oresta Lenczyka i grywał głównie w rozgrywkach Młodej Ekstraklasy. Został wystawiony na listę transferową.

W reprezentacji Polski zadebiutował 6 grudnia 2006 w spotkaniu rozgrywanym w Abu Zabi przeciwko Zjednoczonym Emiratom Arabskim, wygranym przez Polaków 5:2, a sam Magdoń w 87 min. meczu wpisał się na listę strzelców, zdobywając gola na 4:2 dla Polski. Był to jak do tej pory jedyny występ Magdonia w kadrze narodowej.