Pierwszym klubem Patryka Małeckiego były Wigry Suwałki. Już jako 6 letni chłopiec zapisał się tam na treningi pomimo tego, że do grup młodzieżowych Wigier przyjmowano wtedy chłopców od 8 roku życia. Od najmłodszych lat występował na boisku jako napastnik. W młodzieżowych drużynach Wigier popisywał się znakomitą skutecznością zdobywając nawet po 10 bramek w meczu. Jako 12-latek zaliczył nawet kilka treningów z seniorską drużyną Wigier.

Gdy miał 13 lat przeniósł się do Wisły Kraków. Do krakowskiego klubu sprowadził go Bogdan Basałaj, który był w tym czasie prezesem Wisły Kraków. Małecki w młodzieżowych drużynach Wisły również spisywał się znakomicie, potrafił strzelić w meczu przeciwko Dunajcowi Nowy Sącz 12 bramek

W lutym 2006 roku Małecki został włączony do kadry pierwszej drużyny Wisły przez ówczesnego trenera Dana Petrescu. W kwietniu 2006 roku zainteresowanie Małeckim wyraziło Lazio Rzym.

Kiedy trenerem Wisły Kraków został Maciej Skorża, zaczął on wystawiać Małeckiego na prawej pomocy. Wskutek dużej konkurencji w drużynie Patryk Małecki został w przerwie między rundami wypożyczony na pół roku do Zagłębia Sosnowiec. Małecki występując w barwach Zagłębia Sosnowiec, w 11 meczach w Ekstraklasie strzelił dwa gole i nabrał niezbędnego doświadczenia. Sezon 2007/2008 zakończył zdobyciem Mistrzostwa Polski z "Białą Gwiazdą". W rundzie jesiennej sezonu 2008/2009, w początkowych meczach Małecki dawał bardzo dobre zmiany wchodząc jako zmiennik, i w końcówce rundy wywalczył sobie miejsce w pierwszej jedenastce Wisły Kraków.

Małecki regularnie występuje w młodzierzowej kadrze Polski.