Nuno urodził się na Wyspach Świętego Tomasza i Książęca, ale w młodym wieku trafił do Portugalii. Karierę piłkarską rozpoczął w klubie Vitória Guimarães, do której trafił w 1992 roku. Zawodnikiem Vitórii był przez cztery sezony, ale nie osiągnął większych sukcesów z tym klubem. W 1997 roku został bramkarzem hiszpańskiego Deportivo La Coruña. 3 maja tamtego roku zadebiutował w Primera División w wygranym 3:0 meczu z Sevillą. Prez dwa sezony rozegrał w barwach "Depor" tylko dwa spotkania i był trzecim bramkarzem zespołu po Jacques'u Songo'o i Petrze Koubie. W latach 1998-2000 Nuno został wypożyczony do grającej w Segunda División Méridy, której był podstawowym bramkarzem. Latem 2000 kierownictwo Deportivo znów wypożyczył Portugalczyka, tym razem do Osasuny Pampeluna. Tam swój pierwszy mecz rozegrał 10 września przeciwko Celcie Vigo (0:2). Do końca sezonu był pierwszym bramkarzem Osasuny, a w sezonie 2001/2002 wystąpił we dwóch spotkaniach Deportivo i został wicemistrzem Hiszpanii.

Latem 2002 Nuno wrócił do Portugalii. Został piłkarzem FC Porto, które zapłaciło za niego 3 miliony euro. Pełnił rolę rezerwowego dla Vítora Baí. W 2003 i 2004 roku jako jego dubler wywalczył mistrzostwo Portugalii, zdobył także kolejno Puchar UEFA oraz Puchar Mistrzów.

W 2005 roku Nuno wyjechał do rosyjskiego Dynama Moskwa. 6 sierpnia zadebiutował w Premier Lidze w wygranym 1:0 wyjazdowym meczu z Saturnem Ramienskoje. W Dinamie był jednym z kilku Portugalczyków obok Jorge Ribeiro, Frechauta, Maniche'a, Costinhi, Luisa Loureiro oraz Cícero. W 2006 roku przegrał jednak rywalizację z Žydrūnasem Karčemarskasem i Siergiejem Owczinnikowem, toteż latem odszedł z zespołu.

Nuno wrócił do Portugalii. Przez pół roku występował w drużynie Desportivo Aves, z którą na koniec sezonu spadł z ligi. Następnie ponownie został zawodnikiem Porto, gdzie jest dublerem Brazylijczyka Heltona.