Niki Zimling zawodową karierę rozpoczynał w 2003 roku w Brøndby IF. W jego barwach zadebiutował w rozgrywkach duńskiej Superligi, a miało to miejsce 27 kwietnia podczas wygranego 3:1 spotkania z Midtjylland Herning. W sezonie 2003/2004 Zimling wziął udział w trzynastu ligowych pojedynkach, a 17 września 2003 roku strzelił swojego pierwszego gola dla Brøndby w zremisowanym 1:1 meczu przeciwko AaB Aalborg. W 2005 roku kopenhaski zespół sięgnął po dziesiąty w historii klubu tytuł mistrza Danii, jednak Zimling wystąpił wówczas tylko w trzech spotkaniach Superligi.

W letnim okienku transferowym Niki podpisał kontrakt z Esbjerg fB i w nowej drużynie bez problemów wywalczył sobie miejsce w podstawowej jedenastce. W sezonie 2005/2006 zaliczył 26 ligowych występów i razem z zespołem dotarł do finału Pucharu Danii. W kolejnych rozgrywkach Superligi w 33 spotkaniach zdobył dziesięć bramek i obok Jespera Becha był najlepszym strzelcem swojego klubu. Łącznie w barwach Esbjerg fB były zawodnik Brøndby wystąpił w 81 pojedynkach i zdobył w nich siedemnaście bramek.

Na początku 2009 roku Zimling na zasadzie wolnego transferu przeniósł się do grającego w Serie A Udinese Calcio, gdzie o miejsce na środku pomocy rywalizuje z takimi graczami jak Gökhan İnler, Gaetano D'Agostino, Christian Obodo oraz Fernando Tissone.

Zimling ma za sobą występy w młodzieżowych reprezentacjach Danii, dla których łącznie rozegrał 48 meczów i strzelił pięć bramek. Brał między innymi udział w Mistrzostwach Europy U-21 2006, a w tym samym roku otrzymał nagrodę najlepszego piłkarza młodego pokolenia w kraju.

Do dorosłej kadry Zimling po raz pierwszy został powołany 20 listopada 2006 roku na tournee po Stanach Zjednoczonych, Salwadorze i Hondurasie, które odbyło się w styczniu 2007 roku. Oficjalny debiut w drużynie narodowej duński pomocnik zaliczył 6 lutego 2008 roku w wygranym 2:1 meczu ze Słowenią, kiedy to w 65 minucie zmienił Daniela Jensena.