Lombaerts pochodzi z miasta Brugia i w nim też rozpoczął piłkarską karierę w klubie Club Brugge, jednak nie zdołał przebić się do pierwszego składu tego zespołu i następnie wyjechał do Gandawy, gdzie został zawodnikiem KAA Gent. W 2004 w wieku 19 lat zadebiutował w jego barwach w lidze belgijskiej i z czasem stał się podstawowym zawodnikiem zespołu. W debiutanckim sezonie zajął z Gent 6. miejsce w lidze. W sezonie 2005/2006 zajął z Gent 4. pozycję, a w wygranym 3:0 meczu z R.A.A. Louviéroise strzelił swojego pierwszego gola w lidze. W sezonie 2006/2007 wystąpił w Pucharze Intertoto, a w lidze po raz drugi z rzędu zajął 4. lokatę.

Latem 2007 Lombaerts podpisał 2-letni kontrakt z rosyjskim zespołem Zenit Sankt Petersburg, który zapłacił za niego sumę 4 milionów euro.