Subotić jako dziecko mieszkał w Niemczech, jako nastolatek w 1999 roku przeprowadził się z rodzicami do Utah. Był członkiem reprezentacji USA na MŚ U-17 w 2005 roku. Mimo kilku występów w reprezentacji do lat 20, nie został powołany na MŚ U-20 w 2007 roku. Subotić nie zagrał jeszcze żadnego spotkania w seniorskiej reprezentacji żadnego kraju. Mógł zdecydować się na występy w reprezentacji USA oraz Bośni i Hercegowiny. W grudniu 2008 roku wybrał reprezentację Serbii[1]. Jego rodzice są Serbami.