Koenders jako junior grał w klubach SDZ oraz Ajax Amsterdam. W Ajaxie grał do 2006 roku, ale nie zdołał zadebiutować w jego pierwszej drużynie. Latem 2006 podpisał kontrakt z RKC Waalwijk, grającym w ekstraklasie. W jego barwach pierwszy występ zanotował 15 września 2006 w wygranym przez jego zespół 1-0 ligowym pojedynku z ADO Den Haag. Szybko wywalczył sobie miejsce w wyjściowej jedenastce RKC i stał się jej podstawowym graczem. Przez cały sezon rozegrał 30 spotkań. Na jego koniec zajął z klubem siedemnaste miejsce i po przegranych barażach spadł z nim do drugiej ligi. Wówczas jednak postanowił odejść z RKC Waalwijk.

Za 2,5 miliona euro trafił do pierwszoligowego AZ Alkmaar. Zadebiutował tam 25 sierpnia 2007 w przegranym przez AZ 0-1 ligowym meczu z Vitesse Arnhem. W nowym klubie od początku pełnił rolę rezerwowego. W pierwszym sezonie grał z AZ w Pucharze UEFA, ale odpadł z niego po fazie grupowej. W sumie w debiutanckim sezonie 2007/2008 w barwach AZ zagrał 13 razy, a w lidze zajął z nim jedenaste miejsce. W następnym zdążył wystąpić w dziewięciu meczach, a potem w styczniu 2009 wypożyczono go do innego pierwszoligowca - NEC Nijmegen. Pierwszy występ zanotował 1 lutego 2009 w wygranym przez jego zespół 1-0 ligowym spotkaniu z Feyenoordem Rotterdam. W tamtym meczu strzelił jedyną bramkę, która była jego pierwszą w zawodowej karierze.

źródło: wikipedia.pl