Swoją karierę rozpoczął we francuskim klubie Rennes w sezonie 1995/96. W sezonie 1997/98 przeszedł do Interu Mediolan. Dla włoskiego klubu rozegrał 18 spotkań ligowych i 6 w Europejskich Pucharach. Silvestre przeszedł do Manchesteru United 10 września 1999 za £3,500,500. Po 9 latach spędzonych w Manchesterze, Silvestre przeszedł do Arsenalu Londyn za około £750.000.

Silvestre gra na środku lub lewej obronie, chociaż preferuje grę na środku. Jego pierwszy sezon w Manchesterze Utd nie był wyjątkowo udany, długo nie mógł sobie wywalczyć miejsca w podstawowym składzie. Krytykowano go za jego występ na Euro 2004, gdzie podarował karne Anglii i Chorwacji, zanim Francja została znokautowana przez Grecję w ćwierćfinałach.

Karierę Silvestre'a wkrótce zaczęły niszczyć kontuzje, przez co stracił miejsce w podstawowej jedenastce Manchesteru United. Latem 2008 roku Francuz uznał, że najwyższy czas zmienić klub na taki, w którym będzie mógł grać. Media spekulowały o błyskawicznym transferze do Sunderlandu za niską cenę, Mikaël miał nawet uczestniczyć w testach medycznych, jednak gdy tylko zainteresował się nim Arsenal, natychmiast zmienił zdanie i podpisał kontrakt z drużyną z Emirates Stadium. W Arsenalu rozegrał 5 spotkań strzelił jedną bramkę.

W reprezentacji Francji rozegrał 40 spotkań, zdobył w nich 2 bramki.