Hummels w 1995 roku dołączył do juniorskiego składu Bayernu Monachium. 27 maja 2006 roku zadebiutował w rezerwach tego klubu w meczu przeciwko Eintrachtowi Trier. W sezonie 2006/07 został włączony do kadry Bayernu. W Bundeslidze zadebiutował 19 maja 2007 roku w meczu z Mainz, zmieniając w 52 minucie Martina Demichelisa. Zimą 2008 roku Hummels został wypożyczony do Borussii. W klubie z Dortmundu zadebiutował 16 lutego w meczu przeciwko Energie, zaś pierwszego gola zdobył 18 października w spotkaniu z Werderem Brema. W lutym 2009 Bayern porozumiał się z Borussią i ostatecznie za 4,2 miliona euro sprzedał Hummelsa do drużyny z Westfalenstadion[1].