Marco Motta zawodową karierę rozpoczynał w 2004 roku w Atalancie Bergamo. W debiutanckim sezonie rozegrał dla niej dziewiętnaście spotkań, jednak zajął ostatnie miejsce w rozgrywkach Serie A i spadł do drugiej ligi. Następnie połowę praw do karty zawodnika wykupiło Udinese Calcio, w którym Motta spędził dwa sezony. W nowym klubie pełnił rolę rezerwowego i przez dwa lata zaliczył 22 ligowe występy. Rozgrywki 2007/2008 włoski zawodnik spędził na wypożyczeniu w Torino FC, a latem 2008 roku powrócił do Udine.

Motta ma za sobą występy w młodzieżowych reprezentacjach Włoch. Grał w drużynach U-16, U-17, U-18, U-19 i U-20, a obecnie jest członkiem kadry do lat 21. W juniorskich reprezentacjach Motta rozegrał już łącznie ponad 40 meczów, brał udział między innymi w Mistrzostwach Europy U-21 2007 oraz "Tournoi Espoirs de Toulon". W 2008 roku Pierluigi Casiraghi powołał go do 18-osobowej kadry "Squadra Azzura" na Igrzyska Olimpijskie w Pekinie. Na turnieju tym wychowanek Atalanty Bergamo był podstawowym zawodnikiem reprezentacji.