Cassetti urodził się w mieście Brescia w regonie Lombardia. Jednak piłkarskiej kariery nie zaczynał w Brescia Calcio, a w oddalonym o kilka kilometrów miasteczku Montichiari. Zespół ten grał w jednej z okręgowych lig Włoch i Cassetti zadebiutował w nim w 1997 roku w wieku 20 lat. Po 2 latach gry w Montichiari na sezon 1998/1999 Marco trafił do grającego wówczas w Serie C1 zespołu AC Lumezzane. Rozegrał tam 19 meczów i zdobył 2 gole, a Lumezzane zajęło 3. miejsce w lidze i wystąpiło w barażach o Serie B. Tam jednak w finale przegrało z AC Pistoiese i nie zdołało awansować o klasę wyżej. Marco został jednak w zespole na kolejny sezon. Lumezzane zagrało słabo, ale po barażach zdołało utrzymać się w lidze. Natomiast w karierze Cassettiego nastąpił niespodziewany zwrot. Zainteresował się nim pierwszoligowy Hellas Werona i dość niespodziewanie Marco trafił do Serie A. W Serie A zadebiutował już w 1. kolejce, 30 września 2000 w zremisowanym 1:1 wyjazdowym meczu z AS Bari. Jednak na początku kariery w zespole z Werony miał problemy z wywalczeniem miejsca w pierwszym składzie. Rozegrał tylko 12 meczów, a Weronie po wygranych barażach z Regginą Calcio udało się pozostać w Serie A na kolejny sezon. W sezonie 2001/2002 Cassetti nie pomógł Weronie w utrzymaniu w lidze i ta spadła o klasę niżej. Dopiero grając w Serie B Cassetti na stałe wywalczył miejsce w składzie werońskiego klubu. Rozegrał całkiem udany sezon jako środkowy pomocnik, zdołał 7 razy trafić do siatki rywali w 35 rozegranych przez niego meczach i był jednym z najlepszych zawodników Hellas w całym sezonie. Werona jednak pomimo faktu, iż sezon wcześniej grała w ekstraklasie, grała coraz słabiej i zajęła miejsce w środku tabeli Serie B (13.). Dlatego też po sezonie Marco przystał na propozycję silniejszego klubu, jakim był beniaminek Serie A, US Lecce. W Lecce stworzyła się wówczas całkiem ciekawa drużyna z takimi piłkarzami jak Marco Amelia, Ernesto Chevanton, Mirko Vučinić czy Waleri Bożinow. Lecce w lidze grało przyzwoicie, zajęło 10. miejsce w tabeli, a w sezonie potrafiło pokonać 2:1 nawet Inter Mediolan. Dorobek Marco zakończył się na 30 meczach i 5 bramkach oraz jednej czerwonej kartce. Natomiast 14 września 2003 w drugiej kolejce z Anconą Calcio strzelił gola ustalającego wynik spotkania na 3:1 i był to jego pierwszy gol w karierze w historii występów w Serie A. Sezon 2003/2004 był także udany dla Lecce podobnie jak poprzedni. 4 gole w 36 meczach Cassettiego pomogły w drugim z rzędu wywalczeniu 10. miejsca w lidze. Już wtedy zaczęły się interesować nim inne kluby z Serie A, ale Marco postanowił na kolejny sezon zostać w Lecce. Jednak po odejściu Chevantona czy Bożinowa Lecce straciło swoją siłę ognia i w sezonie 2005/2006 ostatecznie zajęło 18. pozycję w lidze, co wiązało się z degradacją do Serie B. Latem 2006 Marco zmienił otoczenie, gdyż nie chciał zbytnio grać w Serie B. Podpisał 4-letni kontrakt z zespołem AS Roma, która zapłaciła za niego sumę 1,5 miliona euro. W zespole Romy zadebiutował 12 września 2006 w meczu Ligi Mistrzów z Szachtarem Donieck, wygranym przez Romę 4:0.