Marco Borriello jest wychowankiem A.C. Milan. Do 2001 roku trenował z młodzieżowym zespole "Rossonerich", a następnie wypożyczany był do innych klubów. Na tej zasadzie zasilił kolejno takie kluby jak Triestina Calcio oraz Treviso FC. W 2002 roku włoski napastnik powrócił do A.C. Milan. W jego barwach zadebiutował 21 września tego samego roku w wygranym 3:0 spotkaniu Serie A przeciwko Perugii Calcio. 29 października Borriello po raz pierwszy wystąpił natomiast w meczu Ligi Mistrzów, kiedy to Milan przegrał na wyjeździe z RC Lens 2:1. W zimowym okienku transferowym Borriello został wypożyczony do Empoli FC, dla którego strzelił swoją pierwszą bramkę w ekstraklasie. Sezon 2003/2004 Włoch ponownie spędził w A.C. Milan, jednak pełnił tam rolę rezerwowego i wystąpił tylko w czterech spotkaniach. Działacze włoskiego klubu postanowili wypożyczać więc swojego wychowanka do innych drużyn. Borriello przez dwa kolejne sezony występował w trzech klubach - Regginie Calcio, Sampdorii Genua oraz Treviso FC i w każdym z nich miał zapewnione miejsce w podstawowej jedenastce. Latem 2006 roku Włoch powrócił na San Siro. 21 grudnia tego samego roku po meczu z AS Roma wykryto u niego obecność środków dopingujących - predinzonu i prednizolu. Borriello został zdyskwalifikowany na cztery miesiące[1], po odbyciu kary powrócił do Milanu, a 21 czerwca połowę praw do jego karty wykupiła Genoa CFC. W nowym klubie włoski zawodnik imponował skutecznością i już 26 września 2007 roku strzelił hat-tricka w wygranym 3:2 pojedynku z Udinese Calcio. W rewanżu rozegranym 24 lutego 2008 roku Borriello ponownie strzelił trzy bramki, a Genoa CFC zwyciężyła 5:3. Włoch sezon 2007/2008 zakończył z dziewiętnastoma trafieniami na koncie i po Alessandro Del Piero oraz Davidzie Trézéguet zajął trzecie miejsce w klasyfikacji najlepszych strzelców. Genoa CFC zajęła dziesiąte miejsce w ligowej tabeli, a 29 maja Borriello po raz kolejny w karierze powrócił do Milanu. "Rossoneri" zapłacili klubowi z Genuy dziesięć milionów euro oraz oddali im Davide Di Gennaro.