Jest wychowankiem klubu UKP Zielona Góra,w którym w seniorskiej drużynie zadebiutował wiosną 2003 roku.W następnym sezonie przeszedł do Zagłębia Lubin, jednak w polskiej ekstraklasie zadebiutował dopiero wiosną 2005 roku. W najwyższej klasie rozgrywkowej zagrał do tej pory kilkanaście spotkań. Premierowego gola uzyskał 28 kwietnia 2007 roku w wyjazdowym spotkaniu z Wisłą Płock.W sumie w sezonie 2006/2007 Marcin Pietroń uzyskał 4 bramki, czym walnie przyczynił się do uzyskania przez Zagłębie Lubin Mistrzostwa Polski.

6 grudnia 2007 Pietroń wraz z innym piłkarzem Zagłębia Mateuszem Bartczakiem, został zatrzymany przez Policję w Poznaniu za posiadanie narkotyków.[1]

W latach 2008-2009 występował w Ekstraklasie w barwach Arki Gdynia. 26 sierpnia 2009 roku podpisał kontrakt z Piastem Gliwice.