Karierę zaczynał w Stali Rzeszów. Potem grał m.in. w Resovii Rzeszów, Hetmanie Zamość, Stali Sanok, Stali Stalowa Wola oraz w Karpatach Lwów, gdzie grał od roku 2001. W międzyczasie wystąpił w 9 spotkaniach łotewskiej ekstraklasy w roku 2005 w zespole FK Venta Kuldīga. Po powrocie z Łotwy stracił miejsce w podstawowym składzie Karpat Lwów. W związku z tym piłkarz przeniósł się do innego klubu ukraińskiej ekstraklasy FK Charków. Po sezonie opuścił Ukrainę i szukał klubu w Polsce. Był bliski podpisania kontraktu z ŁKS-em Łódź, Zagłębiem Lubin i Polonią Bytom.[1]

W latach 2002-2004 Nalepa był powoływany do reprezentacji, w której rozegrał 2 mecze, nie wpuszczając gola.

Maciej Nalepa jest bratem bramkarza Stali Rzeszów Grzegorza Nalepy.

W dniu 18.10.09 Maciej Nalepa podpisał kontrakt z Piastem Gliwice.[2].