Karierę piłkarską rozpoczął w klubie FC Libourne-Saint-Seurin, a następnie trenował także w Football Club Sochaux-Montbéliard, jednak nie przebił się do pierwszej drużyny. W 2002 roku odszedł do Besançon RC, grajacego w Championnat National. W 2003 roku awansował z tym klubem do drugiej ligi i w barwach Besançon grał tam przez jeden sezon. Z kolei w 2004 roku ponownie zmienił barwy klubowe i przeszedł do LB Châteauroux, z którym także rywalizował na szczeblu Ligue 2.

Latem 2005 roku Chafni trafił do pierwszoligowego AC Ajaccio. W Ligue 1 zadebiutował 30 lipca w zremisowanym 0:0 wyjazdowym meczu z AS Saint-Étienne. Przez cały sezon był podstawowym zawodnikiem klubu z Korsyki, jednak na koniec sezonu 2005/2006 spadł z nim do Ligue 2. W drugiej lidze w barwach Ajaccio grał przez jeden sezon.

W lipcu 2007 roku Chafni został zawodnikiem AJ Auxerre, do którego przeszedł za 1,2 miliona euro. W nowym zespole swoje pierwsze spotkanie zaliczył 15 września przeciwko OGC Nice (2:0). Od czasu debiutu jest podstawowym zawodnikiem drużyny Auxerre.