uninho Pernambucano zawodową karierę rozpoczynał w 1991 roku w Sport Recife. W jego barwach zadebiutował w sezonie 1993, rozegrał wówczas łącznie dwa spotkania w lidze, natomiast w kolejnych rozgrywkach zanotował już 22 występy i dwa gole. Od 1995 roku Juninho reprezentował barwy Vasco da Gama Rio de Janeiro i w zespole tym od razu wywalczył sobie miejsce w podstawowej jedenastce. W 1997 i 2000 roku sięgnął po tytuł mistrza Brazylii, w 1998 roku zwyciężył w rozgrywkach Copa Libertadores, a w 2000 roku triumfował również w turnieju Copa Mercosur. Łącznie dla Vasco da Gama Juninho przez sześć lat rozegrał w 111 meczów w lidze i zdobył 24 gole, a w tym czasie grał u boku takich zawodników jak Romário, Edmundo, Juninho Paulista, Felipe oraz Pedrinho. W 2001 roku Pernambucano przeprowadził się do Francji, gdzie został piłkarzem Olympique Lyon. Szybko stał się jednym z najważniejszych graczy w drużynie, notował wiele bramek oraz asyst, a Gérard Houllier doceniając postawę Brazylijczyka mianował go kapitanem Lyonu. Razem z Lyonem Juninho od 2002 roku nieprzerwanie sięga po tytuł mistrza Francji, a oprócz tego regularnie grywa w Champions League. Co roku jest jednym z najlepszych strzelców w zespole, a większość trafień zalicza poprzez bezpośrednie uderzenia z rzutów wolnych.