Quercia jest wychowankiem klubu FC Sochaux-Montbéliard. W 2005 roku trafił do kadry pierwszego zespołu z juniorów. Natomiast 3 grudnia 2005 zadebiutował w Ligue 1 w zremisowanym 0:0 wyjazdowym spotkaniu z RC Strasbourg. Do końca sezonu rozegrał 6 spotkań, ale już w następnym (2006/2007) zaliczył ich 26. 19 sierpnia 2006 strzelił pierwszego gola we francuskiej lidze, Sochaux zremisowało 1:1 z Sedanem. W 2007 roku zdobył z Sochaux Puchar Francji, dzięki zwycięstwu w finale po serii rzutów karnych nad Olympique Marsylia. W Sochaux Julien spędził także rundę jesienną sezonu 2007/2008, w której zdobył jednego gola.

W styczniu 2008 roku Quercia przeszedł za milion euro do innego pierwszoligowca, AJ Auxerre. W drużynie prowadzonej przez Jeana Fernandeza po raz pierwszy wystąpił 9 lutego 2008 w zwycięskim 2:1 wyjazdowym meczu ze Stade Rennais FC.