Juanito jest wychowankiem Málagi, a w pierwszej drużynie zadebiutował w 2002 roku, a dokładnie to 1 września meczem z Recreativo Huelva. W barwach Máladze grał przez 5 sezonów, jednak jego ostatni sezon w tym klubie był chyba najlepszy. Zawodnik rozegrał 35 spotkań i zdobył jedną bramkę.

Przed sezonem 2005/06 związał się z Deportivo Alavés, gdzie wiodło mu się całkiem dobrze, mimo to postanowił kolejny raz zmienić barwy. Zawodnika sprowadził Real Sociedad, jednak przygody w tym klubie nie może zaliczyć do udanych i 21 lipca 2007 roku przeniósł się do Almeríi.