Pinto jest wychowankiem Realu Betis, z którego w 1998 roku przeszedł do Celty Vigo. Z Celtą zdobył Trofeum Ricardo Zamora w sezonie 2005/06. Tamten sezon był dla niego bardzo udany, ponieważ Pinto przepuścił tylko 28 bramek w 36 meczach.

W wyniku kontuzji Alberta Jorquery, Pinto został wypożyczony do FC Barcelony na pół roku z możliwością transferu definitywnego.
Pinto zadebiutował w barwach FC Barcelony 26 kwietnia 2008 roku przeciwko Deportivo La Coruna, kiedy to Blaugrana przegrała 2-0.

30 maja 2008 roku dołączył do FC Barcelony podpisując kontrakt na 2 lata. Przyszedł on do hiszpańskiego giganta z Celty Vigo za 0,5 mln euro.