José Moreira swoją piłkarską rozpoczynał już w wieku dziesięciu lat, kiedy to grał w szkółce juniorskiej zespołu SC Salgueiros. W wieku siedemnastu lat podpisał kontrakt z SL Benficą. Początkowo grał w rezerwach popularnych "Orłów", a pierwszą szansę występu w pierwszym składzie dostał w sezonie 2001/2002. W portugalskiej Superlidze zadebiutował 3 listopada 2001 roku w zremisowanym 0:0 meczu z Vitórią Guimarães. W sezonie 2002/2003 i 2003/2004 Moreira był podstawowym bramkarzem Benfiki i udało mu się zadebiutować w rozgrywkach Pucharu UEFA. Jego pierwszym osiągnięciem w barwach Benfiki było zdobycie Pucharu Portugalii w 2004 roku. W 2005 roku Moreira zdobył mistrzostwo oraz Superpuchar Portugalii. Sezon 2004/2005 Moreira także rozpoczął jako pierwszy golkiper ekipy z Estádio da Luz, jednak w trakcie sezonu jego miejsce zajął Brazylijczyk Marcelo Moretto ściągnięty z Vitórii Setúbal. W kolejnych rozgrywkach José Moreira wziął udział tylko w sześciu ligowych pojedynkach lizbońskiej drużyny. Obecnie Portugalczyk pełni w zespole rolę rezerwowego dla Quima.