Piłkarz ten swoją karierę zaczynał w Cotonsport Garoua, a potem przeszedł do Jeunesse Star Yaounde. Następnie przeniósł się do bardziej znanego Tonnerre. W sezonie 2001/2002 Makoun trafił do OSC Lille, gdzie początkowo występował tylko w czwartoligowych rezerwach. Z czasem przebił się do pierwszego składu Lille. W Ligue 1 debiutował 2 listopada 2002, podczas przegranego 0:1 meczu z Bastią. Kameruńczyk wszedł na boisko w 63 minucie spotkania. Swojego pierwszego gola w najwyższej klasie rozgrywkowej zdobył w pierwszej kolejce sezonu 2003/2004. Trafił do siatki w 12 minucie i gol ten przesądził o pokonaniu Olympique Lyon. Było to zarazem jedyne trafienie Makouna w całym sezonie, w którym rozegrał łącznie 32 mecze. W sezonie 2004/2005 Lille odniosło prawdziwy sukces, zajmując drugie miejsce w lidze, promowane awansem do Ligi Mistrzów. W fazie grupowej Makoun i spółka, z 6 punktami na koncie, zajęli 3. miejsce. W Pucharze UEFA trafili na Sevillę i odpadli po wyrównanym dwumeczu. W sezonie 2005/2006 Lille zajęło 3. pozycję w lidze, co dało im możliwość startu w eliminacjach do Ligi Mistrzów. Podopieczni Claude Puela zakwalifikowali się do fazy grupowej. Makoun zdobył swoją pierwszą bramkę w Lidze Mistrzów w 90 minucie meczu z AEK Ateny, podwyższając wynik na 3:1. Lille wyszło z grupy, jednak już w następnej fazie musiało uznać wyższość Manchesteru United. Sezon 2006/2007 nie był już dla Lille tak udany, ponieważ zajęli dopiero 10. miejsce w lidze. Makoun rozegrał w tym sezonie 33 mecze i zdobył jednego gola.

Latem 2007 roku Makoun przeszedł do mistrza Francji, Olympique Lyonnais. Kosztował 14 milionów euro i otrzymał koszulkę z numerem 17, poprzednio zastrzeżoną po śmierci rodaka Marca-Viviena Foe.