Jan Mucha do Legii przyszedł w lipcu 2005r. ze słowackiego klubu MŠK Žilina, w barwach którego zdobył dwa mistrzostwa kraju i superpuchar.
Początkowo musiał pogodzić się z rolą rezerwowego. W sezonie 05/06 mimo iż był bramkarzem nr 2 nie rozegrał w Orange Ekstraklasie nawet minuty. Mucha nie zdecydował się jednak opuścić Legii i podjąć walkę o miejsce w pierwszym składzie. Ta jednak pojawiła się dopiero po odejściu Łukasza Fabiańskiego. Trenerzy Legii dokonując wyboru zastępcy "Fabiana" mieli do wyboru właśnie Słowaka oraz doświadczonego Krzyształowicza. Wybór padł na Jana, więc decyzja o pozostaniu okazała się trafna.
Od sezonu 07/08 Jan Mucha jest pierwszym bramkarzem Legii. Odkąd przyjechał do Warszawy bardzo się rozwinął. Dziś jest notorycznie wybierany do jedenastek poszczególnych kolejek, dzierży opinię najsolidniejszego bramkarza polskiej ligi. Jego mocnymi stronami są zarówno walka przy górnych piłkach, gra na przedpolu oraz bronienie rzutów karnych.
Na początku sezonu 07/08 rozegrał 575 ligowych minut bez straty gola.