Swoją karierę rozpoczął w klubie który znajdował się w jego mieście Van der Heijden w barwach VV Schoonhoven. Tam właśnie wypatrzyli go skauci Ajaksu którym bardzo spodobała się i zaimponowała gra Jan. Wyróżnia się szybkością i niesamowitym dryblingiem. Ajaksu zadebiutował w meczu przeciwko Roda JC wygranym przez Ajax Amsterdam (4:2).

Jan także uczestniczył w 2005 roku w FIFA U-17 World Championship, czyli mistrzostwach świata w piłce nożnej do lat 17, gdzie Holandia dotarła do półfinału, ale zostali oni pokonani przez Meksyk, późniejszych zwycięzców turnieju. Van der Heijden jeszcze nie zadebiutował w pierwszej reprezentacji Holandii.