Helton da Silva Arruda zawodową karierę rozpoczynał w 2000 roku w zespole Vasco da Gama Rio de Janeiro. W debiutanckim sezonie rozegrał dla niego piętnaście spotkań w Campeonato Brasileiro Série A i zdobył mistrzostwo kraju. W rozgrywkach w 2001 roku po raz pierwszy wystąpił 1 sierpnia w zremisowanym 0:0 meczu przeciwko Gama Brasília. W końcowej tabeli Helton razem ze swoją drużyną zajął wówczas jedenaste miejsce, a łącznie w barwach Vasco wystąpił w 52 ligowych pojedynkach.

W 2002 roku brazylijski bramkarz trafił do UD Leiria, w barwach którego w pierwszej lidze portugalskiej po raz pierwszy wystąpił 23 marca 2003 roku w zakończonym wynikiem 0:0 pojedynku z Académicą Coimbra. Przez cały sezon rozegrał dziewięć meczów, w sezonie 2003/2004 wziął udział w 28, a w sezonie 2004/2005 w 30 spotkaniach.

Latem 2005 roku Helton podpisał kontrakt z FC Porto, gdzie początkowo był rezerwowym dla Vítora Baíi. Ligowy debiut w barwach "Smoków" zaliczył dopiero 21 stycznia 2006 roku w wygranym 1:0 meczu z Naval. Od tego czasu Helton coraz częściej zaczął grywać w podstawowym składzie swojego zespołu i do końca sezonu wystąpił w dwunastu ligowych spotkaniach. Razem z Porto Brazylijczyk wywalczył mistrzostwo i Puchar Portugalii, a tytuł mistrzowski zdobył również w sezonach 2006/2007 i 2007/2008.