Moretti zaczynał kariere w A.S Cisco Roma skad w 2000 r. przeszedł do Fiorentiny. Już w pierwszym sezonie gry dla AC Fiorentina zdobył puchar włoch. W sezonie 2001/2002 zagrał w 27 meczach. Po zbankrutowaniu AC Fiorentiny w 2002 roku Emiliano przeszedł do Juventusu Turyn gdzie jednak nie grał zbyt długo ponieważ już w przerwie zimowej sezonu 2002/2003 został wypożyczony do Modeny. Po sezonie przeszedł do AC Parma gdzie nie zagrał jednak żadnego meczu ponieważ od razu został wypożyczony do Bolognii. W Boloni rozegrał 32 mecze i po zakończeniu sezonu 2003/2004 został kupiony do Valencii.

Emiliano występował też w letnich igrzyskach olimpijskich w Atenach w 2004, gdzie zdobył brązowy medal pokonując w meczu o trzecie miejsce Irak.