1 sierpnia 1998 roku Hasan Salihamidžić podpisał kontrakt z Bayernem Monachium stając się najdroższym bośniackim piłkarzem[potrzebne źródło]. Grał jednak w pierwszym sezonie stosunkowo mało, gdyż większym zaufaniem cieszyli się doświadczeni i zgrani z resztą drużyny – Mehmet Scholl, Jens Jeremies oraz Mario Basler. W ciągu dwóch lat zdobył dwa tytuły mistrza Niemiec. W 2001 roku wraz z Bayernem wygrał Ligę Mistrzów, eliminując m.in. Manchester United, Real Madryt czy w samym finale Valencję. W następnych sezonach jednak poprzez kontuzje rozgrywał mniej meczów w sezonie - np. w 2002 rozegrał zaledwie 12 spotkań, strzelając 2 bramki i zdobywając 2 asysty. W 2005 roku w meczu 1/8 finału Ligi Mistrzów, gdy przeciwnikiem Bayernu był Arsenal Londyn, zaliczył asystę przy jednej z 2 bramek Claudio Pizarro, a także sam strzelił bramkę (na 3:0). W 2007 roku przeszedł do włoskiego klubu Juventus Turyn.