Swoją piłkarską karierę Guarín rozpoczął w klubie Envigado FC, w barwach którego zadebiutował w 2005 roku w Copa Mustang. Już w 2. kolejce ligowej w meczu przeciwko Deportivo Pereira (1:1) zdobył gola. W całym sezonie zagrał w 10 ligowych meczach, a jego drużyna najpierw weszła do drugiej fazy rozgrywek, a tam zajęła 2. miejsce w grupie B. Jednak jeszcze w połowie sezonu Guarín trafił na wypożyczenie do jednego z najsłynniejszych klubów Ameryki Południowej, Boca Juniors Buenos Aires. Najpierw pół roku spędził w młodzieżowej drużynie tego klubu, a po dobrej grze w styczniu 2006 w sparingach oraz wobec kontuzji Fernando Gago i Sebastiána Battagli otworzyła się szansa gry w pierwszym składzie Boca. Ostatecznie Guarín zagrał tylko w 2 meczach Primera División, a z Boca wygrał fazę Clausura i tym samym wywalczył mistrzostwo Argentyny.

W sierpniu 2006 Freddy trafił na wypożycznie do klubu francuskiej Ligue 1, AS Saint-Etienne. W barwach „Zielonych” zadebiutował 5 października w sparingu z Espanyolem Barcelona. Jego klub wygrał 2:0 a on sam zdobył obie bramki. Swój debiut w Ligue 1 Guarín zaliczył 14 października w derbach regionu Rodan-Alpy z Olympique Lyon. Pomimo porażki 1:2 Guarín został chwalony przez francuską prasę i od czasu debiutu trener zespołu Ivan Hašek coraz częściej zaczął stawiać na młodego Kolumbijczyka. Kierownictwo Saint-Etienne ostatecznie rozważyło wykupienie zawodnika na stałe z Boca Juniors i fakt ten miał miejsce w 2007 roku. Do lata 2008 Guarín rozegrał dla "Zielonych" 36 spotkań i zdobył jednego gola.

10 lipca 2008 roku Guarín podpisał czteroletni kontrakt z FC Porto.