Swoją karierę rozpoczął w rodzinnym mieście w zespole Piacenzy i od tego czasu występował w kilku bardzo silnych klubach włoskiej Serie A. W 1997 jako gracz Atalanty Bergamo został królem strzelców włoskiej ekstraklasy z dorobkiem 24 goli. Jako reprezentant Włoch występował w finałach mistrzostw świata w 1998, 2002 i 2006 (1. miejsce) oraz Mistrzostw Europy 2000 (2. miejsce), zabrakło dla niego miejsca w składzie zespołu na Mistrzostwach Europy w 2004. Mistrz świata 2006 z reprezentacją Włoch. Podczas Euro 2000 strzelił dla swojej reprezentacji 2 gole, a na mundialu w Niemczech bramkarza rywali pokonał 1 raz. Łącznie dla Włoch zagrał 54 razy, zdobywając 25 bramek.

23 maja 2007 roku Filippo Inzaghi stał się bohaterem finału Ligi Mistrzów zdobywając 2 bramki dla Milanu dzięki czemu włoska drużyna wygrała z Liverpoolem 2:1 i zdobyła Puchar Europy. Parę tygodni później zdobył dwie bramki dla reprezentacji Włoch w spotkaniu z Wyspami Owczymi.

Filippo Inzaghi słynie z zimnej krwi w polu karnym przeciwnika, potrafi znakomicie ustawiać się w czasie wykonywania stałych fragmentów gry, podczas których w trakcie zamieszania podbramkowego piłka spada mu pod nogi. Zawodnik jest znany również z tego, że jest bardzo trudnym rywalem dla obrońców, gra z ostatnim z nich w jednej linii i dlatego często wpada w pułapki ofsajdowe, ale równie często wymyka się obronie przeciwnika i jest wtedy trudny do zatrzymania – dysponuje znakomitym przyspieszeniem, ponadto jest dla niego obojętne czy strzela prawą czy lewą nogą. Bardzo często jest oskarżany przez przeciwników o symulowanie faulów w celu uzyskania rzutu wolnego lub karnego, a także o umyślne prowokacje w czasie gry.

Od 4 grudnia 2007 jest rekordzistą pod względem liczby strzelonych bramek w europejskich pucharach. Zdobywając bramkę w meczu przeciwko Celtic F.C. zaliczył 63 trafienie i wyprzedził w tej klasyfikacji Gerda Müllera[1]. Wygrał z Milanem Ligę Mistrzów w 2007 roku.