Ernesto Farías zawodową karierę rozpoczynał w zespole Estudiantes La Plata w wieku siedemnastu lat. Uchodzący za spory talent Argentyńczyk z roku na rok grywał w tej drużynie coraz częściej, aż wyrósł na jedną z jej największych gwiazd drużyny. W La Placie występował przez osiem lat i w czasie tego okresu strzelił 95 goli w ponad 200 spotkaniach. Mając 24 lata wyjechał z Argentyny do Włoch. Tam podpisał kontrakt z sycylijskim US Palermo. Fani ekipy "Aquile" liczyli na to, że Farías także na Stadio Renzo Barbera będzie imponował skutecznością. Ernesto jednak zupełnie zawiódł - w trzynastu meczach ani razu nie udało mu się wpisać na listę strzelców i Argentyńczyk zdecydował się wrócić do kraju. Tam podpisał kontrakt z Club Atlético River Plate. W "Millonarios" wychowanek Estudiantes radził sobie wyśmienicie. W barwach jednego z najbardziej utytułowanych klubów w Argentynie pojawił się w 80 pojedynkach, w których zdobył 42 gole. Następnie Farías porozumiał się z Deportivo Toluca w sprawie transferu do tego klubu, lecz z powodów problemów osobistych jego żony do transakcji ostatecznie nie doszło. W późniejszym okresie czasu Ernesto udało się zmienić zespół. 24 lipca 2007 roku za cztery miliony euro przeszedł portugalskiego FC Porto, z którym podpisał czteroletni kontrakt.