Piłkarską karierę Hagen rozpoczął w młodzieżowej drużynie Hønefoss B.K., a następnie grywał w amatorskich drużynach takich jak: Jevnaker i Liv/Fossekallen. W 1998 roku przeszedł do Strømsgodset I.F. i wtedy też zadebiutował w jego barwach w pierwszej lidze norweskiej. W klubie z miasta Drammen występował przez dwa sezony, ale nie odniósł większych sukcesów i w 2000 roku przeniósł się do stołecznej Vålerengi. Szybko wywalczył sobie miejsce w składzie tego zespołu, jednak na koniec sezonu klub spadł z ligi. W 2002 roku Vålerenga ponownie grała w ekstraklasie, a największym sukcesem było zdobycie Pucharu Norwegii. W 2003 roku Hagen pomógł w utrzymaniu zespołu w pierwszej lidze, a także wystąpił w rozgrywkach Pucharu UEFA (w tym w dwumeczu z Wisłą Kraków). Natomiast w 2004 roku Vålerenga osiągnęła duży sukces, jakim było wywalczenie wicemistrzostwa Norwegii. Hagena uznano wówczas najlepszym obrońcą sezonu. Przez 5 lat Hagen wystąpił w niej 113 razy i zdobył 4 gole.

W 2005 roku za 2,4 miliona euro Hagen przeszedł do rosyjskiego Zenitu Sankt Petersburg, stając się tym samym pierwszym norweskim zawodnikiem w rosyjskiej lidze. Erik stał się podstawowym zawodnikiem zespołu, rozegrał 28 meczów i został zapamiętany z ostrej gry – otrzymał 12 żółtych kartek – a klub zajął 6. miejsce w lidze. W 2006 roku Hagen został wybrany wicekapitanem Zenitu, a nastepnie wspomógł klub w walce o 4. miejsce w lidze oraz dotarł z nim do ćwierćfinału Pucharu UEFA. W 2007 roku wywalczył z Zenitem mistrzostwo Rosji.

W 2008 roku Hagen został wypożyczony do angielskiego Wigan Athletic. Jednak po nieudanej przygodzie z tym klubem, postanowił powrócić do swojego dawnego klubu - Vålerengi Oslo.

W reprezentacji Norwegii Hagen zadebiutował 9 października 2004 roku w wygranym 1:0 wyjazdowym meczu ze Szkocją, rozegranym w ramach eliminacji do Mistrzostw Świata w Niemczech. Od tego czasu stał się podstawowym obrońcą drużyny narodowej i zastąpił w niej Vidara Risetha.